Romaanin päähenkilö Ilmo Halssi on 55-vuotias työtön. Hän on epäonnistunut historian opiskelija, epäonnistunut sijaisopettaja ja neljättä kirjaansa kirjoittava historiallisten romaanien tekijä, joka sisimmässään tietää kolmannen kirjan jääneen viimeiseksi. Kuoppakaupunki lähtee liikkeelle kun Halssin naisystävä jättää tämän kesken puhelinkeskustelun yhdeksän vuoden seurustelun jälkeen.
Jätetty mies hylkää tutut kulmat ja aloittaa liikkuvan elämän: hän reissaa junalla ympäriinsä, asuu edullisissa hotelleissa tai matkustajakodeissa ja yrittää muun tekemisen puutteessa jatkaa keskeneräistä romaaniaan. Halssi yrittää hakea maksullisista naisista lohtua, jota nämä eivät kuitenkaan kykene tarjoamaan. Mies liikkuu ympäriinsä tyhjyydessä, jossa ei ole hänelle mitään. Romaanissa ei mainita yhtäkään kaupunkia nimeltä, katuja sen sijaan useita. Halssin ainoa intohimo on vanhojen karttojen keräily ja tutkiminen. Tuleva näyttää mustalta:
”Nyt kuljin epävarmoin askelin, oppaanani oma kuolevaisuuteni, jonka olin pettävästi tuntenut murtaneeni. Minulla ei ollut mitään mitä olisin voinut kutsua tulevaisuudeksi. – – Maailmassa kaikkeen, mitättömimpäänkin, ja jokaiseen, oli upotettu tuhon siemen. Olitko muuta kuin tuhon, entropian vertauskuva. Kaiken tieltään hävittävä, minut kuoppaan ajava tuli.”
Toinen romaanin keskeinen henkilö on Marle, nuorehko leski, kahden lapsen äiti, osapäiväinen lounasravintolan työntekijä ja osapäiväinen prostituoitu. Hänen poikansa suhtautuu äitiinsä lähinnä halveksuen, tytär on sentään läheisempi. Marlen elämän merkittävin sisältö näyttää muodostuvan vaatekauppojen ja kirpputorien kiertelystä sekä ulkonäöstä huolehtimisesta. Marle puhuukin romaanissa enemmän vaatemerkeistä kuin lapsistaan tai edes itsestään.
Marlen suhde omaan äitiinsä on etäinen, romaanissa äiti esiintyy ainoastaan muodollisen kohteliaisuuden sävyttämällä lyhyellä jouluaterialla. Marle ajattelee kesken aterian, etteivät he, äiti ja tytär, tiedä kovin paljon toisistaan. Lause on kuivan toteava, ei sentimentaalinen. Samaan tyyliin Marle suhtautuu asiakkaisiinsa: hänen asettamiensa rajojen puitteissa kaikki käy, olennaista on maksu. Säälin vivahde hiipii Marlen puheeseen tämän kertoessa vakioasiakkaidensa elämäntarinoita, jotka ovatkin Kuoppakaupungin merkityksettömiä, mutta yhtä kaikki komeita sisäkertomuksia.
Seppälän edellinen romaani Matka aurinkoon oli Kuoppakaupunkiin verrattuna jylhä moraliteetti nykyajasta. Kuoppakaupunki liikkuu mikrotasolla ja tietoisesti välttää antamasta lukijalle samaistumiskohteita. Louis-Ferdinand Céline sanoi aikoinaan, ettei ihmisen todellisesta historiasta tiedetä mitään. Seppälä tuntuu Kuoppakaupungissa olevan samaa mieltä. Halssin, kirjailijan, mietteisiin Seppälä upottaa joitakin pessimistisiä huomioita nykyisestä kirjallisesta elämästä, mutta ei mitään sellaista, mitä ei katkeroituneen myöhäiskeski-ikäisen miehen suusta odottaisikin kuulevansa.
Seppälä rikkoo romaanin rakenteen vähän väliä fragmenteillaan, pudottaa lukijan kyydistä useasti, mutta armahtaa lopuksi. Armahtaminen ei tarkoita tässä tapauksessa katarsista, päinvastoin. Se tuo hämmennyksen tilalle tyhjyyden. Kuoppakaupunki katoaa, pakenee määrittelyjä. Se on Seppälän erikoisin teos, mikä ei ole vähän.
Tunnelma Kuoppakaupungissa on alusta loppuun synkkä ja ahdistava. Tunnelman puolesta vertailukohtina tulevat mieleen Matti Pulkkisen Elämän herrat ja Annika Idströmin Sinitaivas, molemmat merkittäviä suomalaisia romaaneja. Ilmo Halssi luonnehtii historiallista kuoppakaupunkia tavalla, joka kuvaa koko teosta: ”Kuopista tulivat mieleen helvetin syvimmät kuilut, se oli kai tarkoituskin.” Seppälän romaania lukiessa kaikki tuntuu menettävän merkityksensä. Sitä ei taiteen parissa tapahdu juuri koskaan. Se on osoitus ennen kaikkea Seppälän kielen voimasta.
Palkittu Juha Seppälä on kirjoittanut merkittävän romaanin ja pystynyt samalla avaamaan uuden ladun tuotannossaan. Lopuksi ote, joka summaa Kuoppakaupungin tunnelman yhteen kappaleeseen:
”Sitten, yhtenä aamuna, kesä taittuu kohti syksyä. Pilvet ovat pyöreitä, jylhiä, kuin valtaviksi lavasteiksi valaistuja. Niitä vyöryy taivaanlaen mitalta, ne kantavat teräviä varjoja, tulevaa pimeää. Ne nousevat nopeasti, pilvipisarat ja jääpisarat sirottavat maailmaan kaikkia valon aallonpituuksia. Pilvet kantavat valon kuolemaa”